Во время эксперимента, происходящего в одной из научно-исследовательских лабораторий, происходит невероятное. В нашем мире, телепортировавшись из измерения Зен, оказываются некие враждебно настроенные существа. Гордон Фримен, физик-теоретик, берёт в руки оружие и начинает противостоять этому натиску.